Siden starten af COVID-pandemien har Network for Genomics Surveillance i Sydafrika ført nøje tilsyn med forandringer i SARS-CoV-2.
Det var et værdifuldt redskab til en bedre forståelse af, hvordan virussen spredte sig. I slutningen af 2020 opdagede netværket en ny viruslinje, 501Y.V2, som senere blev navngivet beta-varianten.
Nu er en ny SARS-CoV-2-variant blevet identificeret: B.1.1.529. Verdenssundhedsorganisationen, WHO, har navngivet den nye coronavariant 'omikron' og betegner den som 'bekymrende'.
For yderligere at hjælpe vores forståelse har The Conversation's Afrika-redaktør, Ozayr Patel, bedt forskerne om at dele deres viden.
Hvad er videnskaben bag jagten?
Jagten på corona-varianter kræver en koordineret, samlet indsats. Sydafrika og Storbritannien var de første store lande, der implementerede landsdækkende genomisk overvågning af SARS-CoV-2 helt tilbage i april 2020.
Jagten på varianter sker gennem hele genomsekventering af prøver, der er testet positive for virussen.
Processen involverer kontrol af hver sekvens for forskelle sammenlignet med, hvad vi ved, cirkulerer i Sydafrika og resten af verden. Hvis vi ser adskillige forskelle, ringer alarmklokkerne med det samme, og vi undersøger nærmere for at bekræfte, hvad vi har observeret.
Heldigvis er Sydafrika godt rustet takket være et centralt depot af laboratorieresultater fra den offentlige sektor hos National Health Laboratory Service, (NGS-SA), god opkobling til private laboratorier, Provincial Health Data Center i Western Cape-provinsen samt den allernyeste og mest avancerede modelleringsekspertise.
Desuden har Sydafrika adskillige laboratorier, der kan dyrke og studere den faktiske virus for at afdække, hvor langt antistoffer - dannet som reaktion på vaccination eller tidligere smitte - er i stand til at neutralisere den nye virus.
Rutinemæssig sekventering opdagede ny variant
Denne datamængde giver os mulighed for at beskrive væsentlige kendetegn ved den nye virus.
Beta-varianten, som spredte sig langt mere effektivt blandt mennesker sammenlignet med den oprindelige SARS-CoV-2, forårsagede Sydafrikas anden pandemibølge. Den blev derfor klassificeret som en 'bekymrende' variant (eller VOC, som står for Variant of Concern).
I løbet af 2021 spredte endnu en 'bekymrende' variant sig over store dele af verden, inklusive Sydafrika. Det var den såkaldte delta-variant, der var skyld i en tredje pandemibølge.
For ganske nylig har rutinemæssig sekventering foretaget af Network for Genomics Surveillance-medlemslaboratorierne opdaget en ny virusstamme, kaldet B.1.1.529, i Sydafrika.
77 prøver indsamlet i midten af november 2021 i Gauteng-provinsen viste positiv for denne virus. Den er også rapporteret i et mindre omfang i nabolandet Botswana samt i Hong Kong. Tilfældet i Hong Kong er formentligt en rejsende fra Sydafrika.
Verdenssundhedsorganisationen har givet B.1.1.529 navnet 'omikron' og klassificeret den som en bekymrende variant, ligesom beta og delta.
\ Om Forskerzonen
Denne artikel er en del af Videnskab.dk’s Forskerzonen, hvor forskerne selv formidler deres forskning, viden og holdninger til et bredt publikum – med hjælp fra redaktionen.
Forskerzonen bliver udgivet takket være støtte fra vores partnere: Lundbeckfonden, Aalborg Universitet, Roskilde Universitet og Syddansk Universitet.
Forskerzonens redaktion prioriterer indholdet og styrer de redaktionelle processer, uafhængigt af partnerne. Læs mere om Forskerzonens mål, visioner og retningslinjer her.
Hvorfor finder man bekymrende varianter i Sydafrika?
Det ved vi ikke med sikkerhed, men det ser bestemt ud til at være mere end blot resultatet af en en koordineret, fælles indsats, der fører tilsyn med de cirkulerende virusser.
En teori er, at personer med stærkt svækket immunsystem, som oplever langvarig aktiv infektion, fordi de ikke kan slippe af med virussen, kan være kilden til nye virale varianter.
Man antager, at en vis grad af 'immuntryk' (hvilket betyder et immunrespons, som ikke er stærkt nok til at eliminere virussen, men alligevel udøver en vis grad af selektivt pres, som 'tvinger' virussen til at udvikle sig) skaber betingelserne for, at nye varianter kan dukke op.
På trods af et avanceret antiretroviralt behandlingsprogram for mennesker, der lever med HIV, er adskillige personer i Sydafrika med fremskreden HIV-sygdom ikke i effektiv behandling.
Adskillige kliniske tilfælde er blevet undersøgt, der understøtter denne hypotese, men der er stadig meget, vi ikke ved.
Hvorfor er denne variant bekymrende?
Det korte svar er, vi ved det ikke. Det lange svar er, B.1.1.529 bærer visse mutationer, der er bekymrende.
De er ikke observeret i denne kombination før, og spikeproteinet alene har mere end 30 mutationer. Det er afgørende, fordi alle nuværende godkendte vacciner anvender spikeproteinet.
Vi ved også, at B.1.1.529 har en genetisk profil, der er meget forskellig fra andre cirkulerende interessante og bekymrende varianter.
Varianten ser ikke ud til at nedstamme fra hverken delta eller beta, men repræsenterer snarere en helt ny SARS-CoV-2-stamme.
Nogle af de genetiske forandringer er kendt fra andre varianter, og vi ved, at de kan have effekt på smitsomheden eller muliggøre immunundvigelse.
Mange af forandringerne er nye og endnu ikke undersøgt.
Kompleks, krævende og dyr proces
Selvom vi kan gøre os visse forudsigelser, studerer vi stadig, hvor langt mutationerne vil påvirke adfærden.
Vi ønsker at vide mere om smitsomheden, sygdommens sværhedsgrad og virussens evne til at 'undvige' immunresponset hos vaccinerede eller tidligere smittede personer.
Det studerer vi på to måder:
- For det første forsøger omhyggelige epidemiologiske studier at afdække, om den nye stamme viser forandringer i forhold til smitsomhed, evne til at inficere allerede vaccinerede eller tidligere smittede individer, og så videre.
- Samtidig undersøger laboratorieundersøgelser virussens egenskaber. Dets virale vækstkarakteristika sammenlignes med andre virusvarianters, og det bliver fastslået, i hvor høj grad antistoffer fundet i blodet hos vaccinerede eller tidligere smittede individer kan neutralisere virussen.
I sidste ende vil den fulde signifikans af de genetiske forandringer observeret i B.1.1.529 stå klart, når der bliver taget højde for resultaterne fra alle de forskellige studier.
Det er en kompleks, krævende og dyr proces, som tager flere måneder, men som er uundværlig for at forstå virussen bedre og udtænke de bedste strategier for at bekæmpe den.
Er der indikationer på, at denne variant forårsager forskellige symptomer eller mere alvorlig sygdom?
Der er endnu ikke evidens på kliniske forskelle. Hvad, vi ved, er, at antallet af B.1.1.529-smittetilfælde er steget hurtigt i Gauteng, og at provinsen ser ud til at opleve starten på en fjerde pandemibølge.
Det indikerer øget smitsomhed - omend på baggrund af meget uformelle ikke-farmaceutiske indgreb og et lavt antal smittetilfælde. Så vi kan ikke rigtig sige endnu, om B.1.1.529 transmitteres mere effektivt end den tidligere fremherskende bekymrende delta-variant.
COVID-19 er mere tilbøjelig til at vise sig som alvorlig, ofte livstruende sygdom hos ældre og kronisk syge personer. Men de befolkningsgrupper, der ofte er mest udsat for en ny virus, er yngre, mobile og almindeligvis raske mennesker.
Hvis B.1.1.529 spreder sig yderligere, vil det tage et stykke tid, før dets effekt, hvad angår sværhedsgrad, kan vurderes.
Overvåge virussens spredning i noget nær realtid
Heldigvis ser det ud til, at alle diagnostiske test, der er blevet kontrolleret indtil videre, er i stand til at identificere den nye virus.
Desuden lader det til, at en del kommercielle analyser afslører et specifikt mønster: 2 ud af de 3 'target'-genomsekvenser er positive, men den 3. er ikke.
Det ser ud til, at den nye variant konsekvent sætter kryds i 2 ud af 3 felter i den eksisterende test. Det kan muligvis bruges som markør for B.1.1.529, hvilket betyder, at vi hurtigt kan estimere andelen af positive tilfælde som følge af smitte med B.1.1.529 per dag og per område.
Der er mange fordele knyttet til at være i stand til at overvåge virussens spredning i noget nær realtid.
Beskytter de nuværende vacciner mod den nye variant?
Igen lyder svaret: Vi ved det ikke. Nogle af de kendte tilfælde er tidligere vaccinerede personer.
Men vi har erfaret, at immunbeskyttelsen ved vaccination aftager med tiden, at vaccination ikke beskytter så meget mod smitte, men snarere mod alvorlig sygdom og død.
En af de epidemiologiske analyser, der er påbegyndt, ser på, hvor mange vaccinerede, der bliver smittet med B.1.1.529.
Muligheden for, at B.1.1.529 kan 'undvige' immunresponset er foruroligende.
Vi har en håbefuld forventning om, at det høje seroprævalensniveau vil levere en vis grad af 'naturlig immunitet'- i hvert fald i en periode (prævalens er et begreb, som anvendes inden for epidemiologien. Det udtrykker hvilken andel (procentdel) af en befolkning, der har en bestemt tilstand (ofte en sygdom) på et givet tidspunkt. Når man bestemmer niveauet af en sygdom ud fra blodprøver, taler man om en 'seroprævalens', red.)
I sidste ende viser alt det, vi ved om B.1.1.529 indtil videre, at vaccination stadig er vores bedste bud mod alvorlig COVID-19.
I fællesskab med ikke-farmaceutiske tiltag vil vaccinerne hjælpe sundhedssystemet med at klare skærene i løbet af den kommende bølge.
Denne artikel er oprindeligt publiceret hos The Conversation og er oversat af Stephanie Lammers-Clark.
