Hjælp forskerne hjemmefra: Send din computer på arbejde i kampen for at finde corona-medicin

5 til 10 klik på computeren. Så lidt skal der til, for at du kan hjælpe videnskaben i jagten på at finde et lægemiddel mod den nye coronavirus. 

I et storstilet borgervidenskabsprojekt kaldet Folding@home (FAH eller F@h), kan du sætte din computer til at hjælpe forskere med at forstå, hvordan coronavirussens proteiner bevæger sig.

Forståelsen af virussens proteiner er en af nøglerne i udviklingen af et lægemiddel mod corona, fortæller en af forskerne bag projektet, Greg Bowman, til Videnskab.dk:

»Vi simulerer, hvordan hvert eneste atom i et af coronavirussens proteiner bevæger sig og bruger den viden til at finde nye behandlingsmetoder,« forklarer Greg Bowman, der leder Bowman Lab og er adjunkt i biokemi ved Washington University i St. Louis, USA.

»Vi har allerede gjort nogle nye opdagelser af, hvordan medicin ville kunne binde sig til nogle steder i proteinet, som ingen før havde set. Så vi har allerede brugbare resultater,« tilføjer han.

En kæp i hjulet på virussen

Computere, coronavirus og proteiner. Hvordan hænger det lige sammen?

Proteiner er en slags molekylære maskiner, der kan udøve en masse forskellige funktioner. Det gælder også i virus, hvor proteiner bruges til at undertrykke vores immunsystem og reproducere virussen.

Derfor kan man stoppe virussen, hvis man formår at angribe proteinerne, fortæller professor og protein-forsker Kresten Lindorff-Larsen, der ikke er en del af Folding@home-projektet.

»En af de måder, man kan påvirke proteiner på med lægemidler, er, at man kan få det til at binde sig til proteinet, så det stopper med at fungere. På den måde kan man sætte en kæp i hjulet på molekylet,« forklarer Kresten Lindorff-Larsen, der er tilknyttet Linderstrøm-Lang Centret for Proteinvidenskab på Københavns Universitet, hvor han blandt andet forsker i virusproteiner og lægemiddelresistens.

For at det virker, skal man dog vide, præcis hvor på proteinet et lægemiddel kan binde sig.

Som at få en fodboldkamp til at udspille sig

Coronavirussens genom blev allerede kortlagt i begyndelsen af januar. Så vi kender faktisk virussen og dens proteiner rigtig godt, selvom vi har problemer med at bremse pandemien.

Kortlæggelsen af genomet giver dog kun et fastfrosset billede af, hvordan virussens proteiner ser ud. Forskerne vil gerne blive klogere på, hvordan proteinerne bevæger sig, da det kan løfte sløret for, hvordan proteinet kan angribes og stoppes.

Folding@home sammenligner det med en fodboldkamp. Vi har lige nu et stillbillede af, hvordan de to hold har taget formation på banen. Det er det, vi kan se.

At få proteinet til at bevæge sig svarer til, at hele fodboldkampen udspiller sig. Det gør altså en væsensforskel, og det er her, at computeren kommer ind i billedet.

Et stort lotteri

Ved hjælp af computere kan forskerne nemlig simulere, hvordan virussens protein kan bevæge sig, og dermed kan de måske finde lige akkurat det sted i proteinet, hvor et lægemiddel kan gå ind og bremse det.

Jo flere computere, der hjælper med at simulere bevægelserne i coronavirussens proteiner, des større er muligheden for succes.

»Hver eneste simulation, der køres, er som en lotteriseddel. Jo flere sedler, man køber, desto bedre er chancen for at ramme jackpot. Det er nogle enorme beregninger, vi kører, og hvert eneste lille bit kan hjælpe,« fastslår Greg Bowman.

Han fortæller, at omtrent 400.000 frivillige allerede har downloadet softwaren de seneste 2 uger, mens cirka 30.000 computere hjælper til med simulationerne på et nogenlunde stabilt niveau.

En brik i en global kamp

Selvom det lyder vildt med den hær af computere, der lige nu hjælper Folding@home med at simulere corona-proteiner, så kan initiativet ikke løse krisen alene.

»At simulere proteinet er kun ét redskab ud af mange, der lige nu er i gang i hele verden, og det er ikke realistisk, at vores simuleringer alene vil lede til udviklingen af det rette lægemiddel,« fortæller Erik Lindahl, medlem af Folding@home-projektet og professor i biofysik ved Stockholms Universitet.

»Vores arbejde er helt afhængigt af tæt samarbejde med bioinformatikere og klinikere over hele verden. Det her er en del af et globalt samarbejde, ikke en konkurrence,« tilføjer han.

Greg Bowman tilføjer ligeledes, at der ikke er garantier for succes:

»Men vi har tidligere haft succes med at finde måder at tackle antibiotikaresistens og ebola ved hjælp fra vores simuleringer. Så vi lægger alt det, vi kan, i projektet og håber, at vi kan maksimere chancerne for at hjælpe med at finde et lægemiddel mod corona.«

De understreger begge to også, at det er umuligt at sætte en tidshorisont på, hvornår computersimuleringerne kan frembringe et brugbart resultat.

Videnskab.dk laver sit eget Folding@home-hold

Videnskab.dk vil gerne være med til at maksimere vores mulighed for at finde et lægemiddel mod corona hurtigst muligt.

Derfor har vi startet et Folding@home-hold, og vi ville elske at få vores læsere med ombord. Derfor følger her en guide til, hvordan du kan tilslutte dig vores hold.

• Hent softwaren ned via linket her. Når softwaren er downloadet og installeret, vil du komme ind på siden her:

• Klik på ‘Change Identity’. Så vil vinduet her åbne sig:

• Find på et navn og skriv derefter 249218 i feltet, hvor der står ‘Team Number’. Klik ‘Save’ og voila, du vil nu være en del af Videnskab.dk’s helt eget Folding@home-hold.

Velkommen på holdet!