Mikrobiologer i kamp
»Tænk dig om før du sekventerer«. På dette års kongres for det danske mikrobiologiske selskab skulle der være kamp til stregen. To af årets hovedtalere skulle debattere brugen af moderne DNA sekenteringsmetoder i mikrobiologisk forskning.

Mikrobiologer havde en boksekamp med både positive og negative holdninger til debatten. (Foto: Shutterstock)

Mikrobiologer havde en boksekamp med både positive og negative holdninger til debatten. (Foto: Shutterstock)

Banen er kridtet op således:

Forskerne har fået adgang til nye meget hurtige effektive metoder til at få massive DNA informationer ud om bakterier af forskellige prøver fra fx jord eller mavetarm indhold. Det er muligt at få viden om hvilke bakterier og andre mikroorganismer som er i prøven og hvad de har potentiale til at lave dernede. En kæmpe ressource og teknik, som først nu er ved at blive billig nok til at den kan bruges af alle forskningslaboratorier og hospitaler.

Men tilgængeligheden har en pris. Siden alle nu kan kaste sig over at sekventere hele genomer fra forskellige organismer (lige som man gjorde det først med den menneskelige arvemasse) er fokus blevet flyttet fra at undersøge vigtige økologiske spørgsmål.

Det har ført til et fokus på beskrivende studier som bare beskriver, hvad man har fundet på et givet tidspunkt, i en given prøve uden at undersøgelsen er drevet af en hypotese man forsøger at bevise. Og det er ikke rigtig forskning ifølge Jim Prosser.

Gode og underholdende oplæg

De to debattører Jim Prosser (kritikker) og Janet Jansson (positiv) fremlagde hver deres argumenter via et 20 min foredrag og derefter skulle der være debat.

Oplæggene var meget gode, indsigtsfuld og underholdende. Den efterfølgende debat udeblev dog da ingen af de store danske aktører på sekventeringsfeltet meldte sig med spørgsmål, indlæg eller argumenter. Og måske passer den slags seance sig bare ikke til danske forhold, hvor alle kender alle og janteloven forhindrer folk i at blamerer sig offentligt.

Jeg havde selv en plakat med på kongressen, hvor jeg præsenterede min egne seneste resultater, der også er DNA senventerings baserede. I et forsøg på at finde ud af om der i vores lunger også findes fredelige bakterier, som kan have betydning for udvikling af lungesygdomme fx astma, og da man ikke lige kan lunge-skylle en masse mennesker har vi undersøgt om det findes hos mus.

Bakterie-nummerplader beskriver typer af bakterier i dyrene

Vi har skyllet lungerne på døde mus og sekventeret noget DNA, der fungerer som 'bakterie nummerplader' også kaldet 16S rDNA-genet fra disse prøver. Med al den information, har vi kunne beskrive hvilke bakterier som er i lungerne på dyrene og hvor ens eller forskellige de imellem de forskellige dyr.

Altså noget mere eller mindre rent beskrivende. Vi har dog også sammenlignet forskellige metoder til at få de her informationer frem, så ledes vi fremover ved hvordan vi eller andre skal gøre det for at opnå de bedste resultater. Hypotesen var at musens eget DNA var tilstede i så store mængder i prøverne at man ikke kunne se bakterierne DNA (se blog billedet) Disse resultater er lige på nippet til at blive publicerede, så man kan læse alt hvad vi har gjort.

Så kampen imellem debattørerne var yderst relevant for min egen forskning og for rigtigt mange andre forskere i disse år.

Sekventeringsteknikker skal nu bruges konstruktivt

Hvis jeg selv skal konkludere noget på denne problemstilling er det som følger:

I starten udvikler man den nye teknik. Dette er nødvendigt, men det er også rigtigt at det i sig selv ikke bringer os tættere på at besvare vigtige spørgsmål som mennesker gerne vil have besvaret, fx omkring hvilke faktorer der udløser sygdomme. Derefter bruger man teknikken meget deskriptivt.

Man får jo typisk en masse nye informationer som man ikke at kunnet opnå før med en ny dybde og nye spillere på banen. Jeg tænker at man opfinder kikkerten, tilpasser den og derefter bruger den til at kigge op på himlen. Derefter beskriver man hvad man ser og gentager det nok gange til man er sikker på et det ikke kun er et øjebliksbillede.

Men så kommer tidspunktet også hvor man skal til at brug det nye værktøj til noget mere kontruktivt og hypotesedrevet. Og det er her vi er nået til med de nye sekenteringsteknikker.

Studier skal ikke kun være deskriptive

Så pointen med dette års kamp-debat er vigtig og Jim Prosser og Janet Jansson har da også publiceret deres meninger i det prestigefyldte Nature. Det er efter min mening meget vigtigt at man prøver at designe sine studier så de ikke alene er deskriptive. Det deskriptive følger alligevel med selvom du samtidigt udfører hypotesedreven forskning.

Et godt nyt eksempel er et studie i mennesketvillingers tarmflora overført til mus og hvordan det påvirker udvikling af fedme hos musene med den fede tvillings tarmflora.

Tilbage er kun selv at stræbe efter at tydeligtgøre mine egen hypoteser i min forskning. Nemmere sagt end gjort.

Denne artikel er oprindeligt publiceret som et blogindlæg.

Nyhed: Lyt til artikler

Du kan nu lytte til udvalgte artikler herunder. Du kan også lytte til de oplæste artikler i din podcast-app, hvor du finder dem under navnet 'Videnskab.dk - Lyt til artikler'.

Ugens videnskabsbillede

Se flere forskningsfotos på vores Instagram-profil, og læs om de nedenstående prisvindende billeder af stjernetåger og stjernefabrikker her.

Ny video fra Tjek

Tjek er en YouTube-kanal om videnskab henvendt til unge.

Indholdet på kanalen bliver produceret af Videnskab.dk's videojournalister med samme journalistiske arbejdsgange, som bliver anvendt på Videnskab.dk.

Hej! Vi vil gerne fortælle dig lidt om os selv

Nu hvor du er nået helt herned på vores hjemmeside, er det vist på tide, at vi introducerer os.

Vi hedder Videnskab.dk, kom til verden i 2008 og er siden vokset til at blive Danmarks største videnskabsmedie med omkring en million brugere om måneden.

Vores uafhængige redaktion leverer dagligt gratis forskningsnyheder og andet prisvindende indhold, der med solidt afsæt i videnskabens verden forsøger at give dig aha-oplevelser og væbne dig mod misinformation.

Vores journalister fortæller historier om både kultur, astronomi, sundhed, klima, filosofi og al anden god videnskab indimellem - i form af artikler, podcasts, YouTube-videoer og indhold på sociale medier.

Vi stiller meget høje krav til, hvordan vi finder og laver vores historier. Vi har lavet et manifest med gode råd til at finde troværdig information, og vi modtog i 2021 en fornem pris for vores guide til god, kritisk videnskabsjournalistik.

Vores redaktion gør en dyd ud af at få uafhængige forskere til at bedømme betydningen af nye studier, og alle interviewede forskere citat- og faktatjekker vores artikler før publicering.

Hvis du går rundt og undrer dig over stort eller småt, vil vi elske at høre fra dig og forsøge at give dig svar med forskernes hjælp. Send bare dit spørgsmål til vores brevkasse Spørg Videnskaben.

Vi håber, at du vil følge med i forskningens forunderlige opdagelser her på Videnskab.dk.

Få et af vores gratis nyhedsbreve sendt til din indbakke. Du kan også følge os på sociale medier: Facebook, Twitter, Instagram, YouTube eller LinkedIn.

Med venlig hilsen

Videnskab.dk