Dansk forsker udvikler ny metode til dyrkning af jordbakterier
Seniorforsker Svend Binnerup fra DMU har bidraget til den anerkendte samling af metodeforskrifter 'Nature Protocols'

Den nye dyrkningsmetode har afsløret bakterier, man hidtil ikke har kunnet dyrke og bakterier, der ikke før er fundet i almindelig jord. (Foto:DMU )

Den nye dyrkningsmetode har afsløret bakterier, man hidtil ikke har kunnet dyrke og bakterier, der ikke før er fundet i almindelig jord. (Foto:DMU )

Det er ikke hver dag, en forsker bliver ringet op af den anerkendte 'opskriftssamling' Nature Protocols og spurgt, om han vil bidrage til samlingen af metodeforskrifter for forskere. Men det er sket for Svend Binnerup, der er seniorforsker ved Danmarks Miljøundersøgelser (DMU).

Sammen med tre australske kolleger har han udviklet en ny metode til dyrkning af jordbakterier, og den er så interessant, at de blev kontaktet af Nature Protocols, som er en online samling af opdaterede metoder.

15 års interesse

Dyrkning af bakterier i laboratoriet kan være lidt af en udfordring. Normalt sker dyrkningen på sterile agarplader, men her vil mindre end en procent af bakterierne fra miljøet vokse frem. Det vil sige, at der er en stor fraktion af bakterier, som man ikke kan dyrke.

Spørgsmålet om 'hvorfor' har haft Svend Binnerups interesse gennem 15 år, og sammen med tre australske kolleger har han udviklet en mikrokultiveringsmetode til jordbakterier.

I stedet for dyrkning på en traditionel agarplade lod de jordprøven filtrere gennem en polycarbonat membran, der efterfølgende inkorberes på opvædet ikke-steril jord.

Fakta

NATURE PROTOCOLS

I 2006 blev Nature Protocols dannet som en del af Nature Publishing Group. Nature Protocols er en online samling af metodeforskrifter, der fungerer som en slags opskriftssamling. Metoderne er ikke primær forskning, men resultatet af forskning der tidligere har været offentliggjort.

På membranen vokser bakterierne på jordmediets naturlige kulstof, hvor mineralsammensætning og affaldsstofferne nedbrydes af det overvældende antal bakterier i det usterile jordmedium. Resultatet er en mangfoldighed af mikrokolonier, som ved hjælp af teknikken 'fluorescent in sito hybridisering' nu kan identificeres ved fluorescensmikroskopi.

Metoden har afsløret bakterier, det hidtil ikke har kunnet lade sig gøre at dyrke, og bakterier man ikke før har fundet i almindelig jord.

Overlevelsen mangler

Det lykkedes altså Svend Binnerup og hans kolleger at få bakterierne til at vokse til mikrokolonistørrelse på polycarbonatmembranen, men det kunne endnu ikke lade sig gøre at isolere dem og få dem til at overleve på et kunstigt laboratoriemedium.

Denne detalje blev den afgørende faktor for at få metoden udgivet.

Svend Binnerup er senioforsker på DMU. (Foto: DMU)

»Vi forsøgte at udgive resultaterne i et europæisk tidsskrift, men her er der en anden videnskabelig tradition omkring mikrobiologi end i USA. Europæerne havde et stort forbehold overfor bakteriernes manglende overlevelse efter dyrkning, hvorimod amerikanerne kunne se, at vi med metoden var nået et skridt på vejen« siger Svend Binnerup.

Arbejdet blev derefter optaget i det anerkendte Amerikanske tidsskrift Applied and Environmental Microbiology (AEM) i 2005.

Nature Protocols henvendte sig

Den specielle metode til dyrkning af bakterier må have fanget Nature Protocols interesse, da tidsskriftet i starten af året opfordrede forskerne til at indsende et manuskript, som beskriver metoden i det helt specielle protokolformat, som er karakteristisk for tidsskriftet.

»Nature Protocols er en helt ny måde for os at dele protokoller på. Fordi den er online, har vi mulighed for at revidere i 'opskriften', hvis metoden senere hen forbedres. Yderligere findes der et diskussionsforum. Alt i alt kan denne online samling være med til at skabe en vis standardisering i laboratoriemetoder fremover,« siger Svend Binnerup.

Metodeforskriftet udkom på Nature Protocols i august.

Artiklen er lavet i samarbejde med Danmarks Miljøundersøgelser, Aarhus Universitet

Ny video fra Tjek

Tjek er en YouTube-kanal om videnskab henvendt til unge.

Indholdet på kanalen bliver produceret af Videnskab.dk's videojournalister med samme journalistiske arbejdsgange, som bliver anvendt på Videnskab.dk.

Ugens videnskabsbillede

Se flere forskningsfotos på Instagram, og læs om de utrolige billeder af Jupiter her.

Videnskab.dk Podcast

Lyt til vores seneste podcast herunder eller via en podcast-app på din smartphone.

Hej! Vi vil gerne fortælle dig lidt om os selv

Nu hvor du er nået helt herned på vores hjemmeside, er det vist på tide, at vi introducerer os.

Vi hedder Videnskab.dk, kom til verden i 2008 og er siden vokset til at blive Danmarks største videnskabsmedie med over en halv million brugere om måneden.

Vores uafhængige redaktion leverer dagligt gratis forskningsnyheder og andet prisvindende indhold, der med solidt afsæt i videnskabens verden forsøger at give dig aha-oplevelser og væbne dig mod misinformation.

Vores journalister fortæller historier om både kultur, astronomi, sundhed, klima, filosofi og al anden god videnskab indimellem - i form af artikler, podcasts, YouTube-videoer og indhold på sociale medier.

Vi stiller meget høje krav til, hvordan vi finder og laver vores historier. Vi har lavet et manifest med gode råd til at finde troværdig information, og vi modtog i 2021 en fornem pris for vores guide til god, kritisk videnskabsjournalistik.

Vores redaktion gør en dyd ud af at få uafhængige forskere til at bedømme betydningen af nye studier, og alle interviewede forskere citat- og faktatjekker vores artikler før publicering.

Hvis du går rundt og undrer dig over stort eller småt, vil vi elske at høre fra dig og forsøge at give dig svar med forskernes hjælp. Send bare dit spørgsmål til vores brevkasse Spørg Videnskaben.

Vi håber, at du vil følge med i forskningens forunderlige opdagelser her på Videnskab.dk.

Få et af vores gratis nyhedsbreve sendt til din indbakke. Du kan også følge os på sociale medier: Facebook, Twitter, Instagram, YouTube eller LinkedIn.

Med venlig hilsen

Videnskab.dk