Verdensberømt corona-overvågning: »Alles øjne er rettet mod Danmark«
Internationale medier beretter om et unikt dansk overvågningssystem, der kan forudsige, hvordan smitten i samfundet spreder sig. 
coronavirus gensekventeringer helgenomsekventeringer overvågning

Danmark er et af de lande i verden, der tester flest, og et af de eneste lande, der sekventerer alle positive prøver. (Foto: Shutterstock)

Danmark er et af de lande i verden, der tester flest, og et af de eneste lande, der sekventerer alle positive prøver. (Foto: Shutterstock)

Udlandske medier har sat spot på den danske håndtering af coronapandemien, efter at forskere fra Aalborg Universitet og Statens Serum Institut har udviklet verdens mest komplette overvågning af virussen. 

»Alles øjne er rettet mod Danmark i øjeblikket,« siger Kristian G. Andersen, der er professor i immunologi og laboratorieleder i Californien til en artikel om den danske strategi bragt i det amerikanske magasin Sciencemag. 

»En massiv virus-sekventeringsindsats har gjort det muligt for Danmark, et land med 5,8 millioner indbyggere, at spore spredningen af nye COVID-19 varianter tættere end noget andet land i verden,« står der i artiklen. 

Også internationale medier som New York Times, Reuters og Washington Post har berettet om den danske strategi. 

Verdens bedste overvågning af virus

Strategien har vakt opsigt, fordi danske forskere er blandt de eneste i verden, som laver fuldkomne gensekventeringer af samtlige positive coronaprøver. 

På den måde har de danske myndigheder fået verdens bedste overblik over, hvilke varianter der er i omløb i samfundet, og hvor hurtigt de spreder sig. 

På baggrund af de mange gensekventeringer har forskerne for eksempel kunnet forudsige, hvor hurtigt den mere smitsomme britiske variant B.1.1.7. ville sprede sig, efter at den kom hertil. 

Særligt en forsker er central i indsatsen, som nu bringer den danske overvågningsstrategi i alverdens medier. 

Mads Albertsen, der er professor og leder af Albertsen Lab på Aalborg Universitet, tog for snart et år siden initiativ til at lave en fuldkommen kortlægning af de virusvarianter, der er i omløb. 

»Jeg sad og så det pressemøde, hvor Mette Frederiksen sendte os hjem i marts, og så tænkte jeg, at vi kunne gøre en forskel, for min gruppe er vant til at analysere tusindvis af prøver ad gangen,« siger Mads Albertsen, der er professor på Aalborg Universitets Institut for Kemi og Biovidenskab. 

Albertsen Lab trådte til

I Mads Albertsens laboratorium laver forskerne normalt gensekventeringer af mikroorganismer, der kan påvirke vores miljø og helbred. 

Statens Serum Institut (SSI) havde på daværende tidspunkt travlt med at få stablet et nationalt testsystem på benene, og de havde kun kapacitet til at lave fuldkomne sekventeringer af få stikprøver blandt de positive coronaprøver.

Albertsens Lab har faciliteterne til at lave tusindvis af fuldkomne kortlægninger - såkaldte helgenom sekventeringer. 

Så Mads Albertsen kontaktede Anders Fomsgaard, der er leder af Virus Forskningslaboratoriet på SSI for at tilbyde sin hjælp. 

»Jeg sagde til ham, at hvis I kan skaffe prøverne, skal vi nok sørge for, at de bliver analyseret. Ugen efter havde vi de første prøver,« siger professoren.

Og så gik det løs.  

»Vores normale forskning har siden været på pause. I efteråret besluttede SSI, at vores arbejde er en kritisk del af den nationale overvågning, og siden har vi fået tilsendt samtlige positive coronaprøver fra danske testcentre og hospitaler,« fortæller Mads Albertsen.

 

Økonomen Max Roser, der er forskningsdirektør på Oxford University og grundlægger af Our World In Data, roser på Twitter de danske data. 

Computere sat sammen med gaffatape

I dag gensekventerer forskerne fra Aalborg Universitet sammen med SSI dagligt virus fra 1.000 positive coronaprøver. 

De har omstillet sig fra at lave egne forskningsprojekter til at indgå i den nationale overvågning. Vejen dertil har været belagt med en del uforudsete udfordringer, siger Mads Albertsen. 

»Der har været utrolig meget kaos undervejs,« husker han. 

For eksempel havde laboratoriets computere ikke kapacitet til at lagre den gigantiske mængde genetiske data fra de mange coronaprøver. 

»Nogle af vores computere er sat sammen med gaffatape, fordi man var nødt til at skære hul i dem for at sætte nye grafikkort i. Men der har bare været utrolig mange mennesker, som bare har haft ja-hatten på og har været kreative.«  

»Og nu er vi et sted, hvor vi har et af verdens bedste overblik over nye varianter, der kommer ind i landet,« siger Mads Albertsen. 

coronavirus gensekventeringer helgenomsekventeringer overvågning

Trine Sørensen fra Albertsen Lab ved en computer lappet med gaffatap (der hvor pilen peger). Foto: Vibeke Rudkjøbing Jørgensen, Albertsen Lab) 

Et unikt datasæt

Ikke bare i øjeblikket, men også på sigt bliver de danske data en guldgrube, forudser Mads Albertsen. 

»Det her bliver et unikt datasæt til at forstå, hvordan en virus udvikler sig i en population, og hvordan forskellige varianter blomstrer op og bliver formindsket over tid,« siger han og tilføjer:

»I øjeblikket ser vi fremad og bruger dataene til at forudsige, hvordan smitten spreder sig. Men på sigt kan det blive en historisk ressource, som man kan bruge til at beskrive en pandemi.«  

De danske data bliver lagt ind i en international database og er frit tilgængelige for forskere fra hele verden.

Udenlandske journalister henvender sig jævnligt

Før Albertsens Lab blev en del af det nationale overvågningsprogram og Danmark tog førertrøjen på, blev der ikke lavet ret mange helgenomsekventeringer af coronavirus-varianter. 

Statens Serum Institut overvågede primært nye varianter ved at kortlægge enkelte dele af virussens arvemasse med en såkaldt PCR-test og havde kun lavet få fuldkomne sekventeringer.

Med PCR-metoden, som stadig bruges i de fleste andre lande, kan forskerne finde ud af, om virus fra positive prøver har specifikke mutationer.

Hvis myndighederne for eksempel leder efter den britiske variant B.1.1.7, kan de bruge PCR-testen til at analysere netop det sted i virussens arvemasse, hvor B.1.1.7 har mutationer, som adskiller den fra den oprindelige variant.  

»Men hvis varianten får nye mutationer, kan man ikke se det, med mindre man laver helgenomsekventeringer,« siger Allan Randrup Thomsen, der er professor i virologi på Københavns Universitet. 

Allan Randrup Thomsen er ikke involveret i den nationale overvågning, men han har bemærket, at indsatsen er blevet verdensberømt. 

»Jeg får med jævne mellemrum henvendelser fra udenlandske journalister, som gerne vil have en lokal stemme. Men jeg sender dem videre, fordi jeg ikke sidder med fingrene ned i det område,« siger han. 

I går var CNN på besøg

Statens Serum Institut, der står i spidsen for den nationale overvågning og arbejder tæt sammen med forskerne fra Aalborg Universitet, bliver også tit kontaktet af udenlandske journalister og forskere. 

»Vi får mange henvendelser. I går havde vi CNN på besøg. Det skyldes, at vi er det land i verden, der procentvis sekventerer flest prøver i forhold til antal indbyggere, og vi tester også mere end de fleste andre,« siger Anders Fomsgaard, der er overlæge og forsker på SSI. 

De mange gensekventeringer og test er ikke den eneste grund til, at udlandet er opmærksomme på den danske indsats, tilføjer han. 

»Det er også, fordi vi dagligt bruger dataene aktivt sammen med SSI's epidemiologer og myndigheder som Styrelsen for Patientsikkerhed, at det virkelig slår igennem,« siger Anders Fomsgaard og fortsætter: 

»Vi har været i stand til at overvåge nøje, inddæmme og forudsige, at den britiske variant B.1.1.7 ville tage over, efter at den kom til Danmark i flere omgange. Det sagde vi allerede for en måneds tid siden, og nu kan vi se, at det sker.«

»De fleste andre lande, der begynder at komme efter det med at lave gensekventeringer, bruger det mest som et rapporteringssystem. Vi bruger det aktivt i vores beregninger og modelleringer, så vi kan iværksætte tiltag for at bremse smittespredningen.« 

Anders Fomsgaard nævner en anden fordel ved det danske system: I Danmark bliver der gemt et utal af oplysninger om borgerne i offentlige registre under CPR-numre. 

»Vi kan kæde registrede oplysninger sammen med vores genetiske data og finde forklaringer og mønstre. Vi kan for eksempel se, om virus spreder sig særligt meget i bestemte erhverv, hvordan smitten spreder sig på arbejdspladser, blandt mink, på plejehjem eller til familiefester og skræddersy forebyggende tiltag,« siger han. 

 
B.1.1.7 udgør en voksende andel af de positive prøver

I en rapport fra 2. januar forudsagde Statens Serum Institut, at B.1.1.7 ville komme til at fylde mere og mere og kunne udgøre halvdelen af corona-tilfældene i uge 7.

I grafen herunder kan du følge med i, hvor stor en andel af de positive corona-prøver, der rent faktisk har været udgjort af den britiske variant uge for uge.

Da Statens Serum Institut kom med sin forudsigelse i begyndelsen af januar, gjaldt det 2,3 procent af tilfældene.

De efterfølgende uger steg det til henholdsvis 3,9 procent, 7,5 procent og 12,7 procent. 

I uge fire var den britiske variant skyld i 19,9 procent af tilfældene. 

Videnskab.dk Podcast

Lyt til vores seneste podcast herunder eller via en podcast-app på din smartphone.

Danske corona-tal

Videnskab.dk går i dybden med den seneste corona-forskning. Læs vores artikler i temaet her.

Hver dag opdaterer vi også de seneste tal.

Dyk ned i grafer om udviklingen i antal smittede, indlagte og døde i Danmark og alle andre lande.

Ny video fra Tjek

Tjek er en YouTube-kanal om videnskab, klima og sundhed henvendt til unge.

Indholdet på kanalen bliver produceret af Videnskab.dk's Center for Faglig Formidling med samme journalistiske arbejdsgange, som bliver anvendt på Videnskab.dk.


Ugens videnskabsbillede

Se flere forskningsfotos på Instagram, og læs om det anderledes Danmarkskort og flere tal om arealet her.