Playstation 3 skal sammenligne gen-stumper
Spillekonsollen Playstation 3 kan bruges til meget mere end at spille på, mener en dansk forsker. Han vil bevise, at den er meget hurtigere til at sammenligne DNA-sekvenser end forskernes gængse metoder.

Fotorealistisk grafik, masser af sceneskift, og et mylder af levende figurer på skærmen. Det er hvad spillekonsollen Playstation 3 er berømt for at kunne håndtere på én gang - takket være en uhyre regnekraftig processor kaldet Cell.
Men evnen til at kunne løse mange ting på samme tid gør ikke kun Playstation 3 genial som legeonkel for børn, unge og barnlige sjæle - ifølge ph.d. i algoritmik Philip Bille på IT-Universitetet i København er den også skræddersyet til at kunne løse store beregningstunge opgaver
indenfor naturvidenskaben, som eksempelvis at sammenligne genetiske DNA-stumper. Denne idé er han nu gået i gang med at teste i et to-årigt forskningsprojekt, 'Effektiv streng matching via ord-niveau-parallelisme':
»For at kunne sammenligne DNA-stumper, kræver det lige nu, at forskerne udfører den samme operation utroligt mange gange i træk. Men i stedet for at lave sammenligningerne efter hinanden, kan man vinde meget ved at gøre det parrallelt - altså samtidigt. Og det er lige netop parallelle opgaver, som Cell-processoren er så fantastisk god til at løse,« siger Philip Bille til videnskab.dk.
100 milliarder genstumper venter
Genetikerne kortlægger gener som aldrig før, og de står lige pt. overfor at skulle sammenligne i størrelsesordenen 100 milliarder gen-stumper - en opgave, som ikke er umulig med de eksisterende metoder, men som vil komme til at tage rigtig rigtig lang tid. Forskerne forsøger at løse problemet ved at indkøbe større og større computere, men de er stadig for langsomme til at kunne løse beregningerne hurtigt nok. Konsekvensen er, at forskerne bruger en masse tid på at analysere data, som ville være bedre givet ud til andre opgaver.
»Min vurdering er, at man med en Playstation 3 kan speede processen voldsomt op, og det giver forskerne tid til det, de egentlig er ansat til, nemlig at forske. Jeg ved dog ikke præcist hvor meget endnu, det er noget af det, som jeg vil finde ud af i mit forskningsprojekt,« siger han.
Hemmeligheden bag spillekonsollens imponerende regnekraft er, at spillerne de seneste år har stillet større og større krav til, hvad et computerspil skal kunne. Spillerne vil ikke længere lade sig nøjes med hakkende, flad 2D-grafik, hvor der kun er én eller maks. to aktive figurer på skærmen. Nej - de vil have glidende bevægelser, høj interaktivitet, detaljeret 3D-grafik og et ubegrænset antal figurer, der kan bevæge sig helt frit og uafhængigt af hinanden.
Kravene har gjort, at producenten har lagt sig i selen for at udvikle en processor, som kan løse rigtigt mange og meget forskelligartede opgaver samtidigt, og det er netop den egenskab, som gør Cell-processoren unik.
Idéen opstod derhjemme Philip Bille fik idéen til projektet under sit ph.d.-studie mens han løste nogle forholdsvis simple 'samtidigheds-problemer' på sin hjemme-pc.
»Når en almindelig hjemme-pc med en betydeligt dårligere processor kan klare at løse nogle problemstillinger, hvor flere opgaver skal løses på samme tid, så kan man godt skrue op for forventningerne med en Playstation 3. Da jeg selv tidligere har arbejdet med DNA-sekvenser under mit ph.d.-studie, har jeg valgt at bruge dem som et eksempel på, hvilke videnskabelige opgaver en Playstation 3 kan løse,« siger Philip Bille.
Efter at have pløjet gennem et utal af teoretiske bøger og have lavet en hel del gennemregninger på papiret, fik han bekræftet, at det i princippet burde kunne lade sig gøre at få en Playstation 3 til at sammenligne DNA-sekvenser. Nu mangler han bare at bevise, at det også kan lade sig gøre i virkeligheden.
Stort potentiale
Projektet løber over to år, og Philip Bille regner først med at have det endelig bevis til den tid. Men det er værd at vente på, for spillekonsollen har et stort potentiale for at blive et uhyre effektivt værktøj for forskere inden for stort set alle naturvidenskabelige fag.
»En Playstation 3 kan gå hen og blive et stærkt værktøj for alle fagområder, hvor der er problemer, der har med store mængder af data at gøre. Bioinformatik er et eksempel, men et andet spændende område er internetkommunikation. Her kan en Playstation formentlig holde øje med de oplysninger, der ryger frem og tilbage over nettet og eksempelvis opdage virusangreb,« siger Philip Bille.
Philip Billes nye forskningsprojekt er ét blandt mange, der går ud på at undersøge, om en Plastation 3 kan bruges som et værktøj til at løse videnskabelige opgaver. Således har flere danske universiteter investeret i storindkøb af spillekonsollerne, der skal bruges til at teste, om det i praksis kan lade sig gøre.
Om projektet
Forskningsprojektet startede februar 2008 og kører i to år og er et samarbejde mellem ITU og Lunds Universitet. Phillip Bille har fået en bevilling fra Forskningsrådet for Teknologi og Produktion. Han er uddannet ph.d. i algoritmik fra IT-Universitetet.
I dagene mellem den 9. og den 12. juni afholder forskerskolen FIRST konferencen AFAPA på ITU, hvor en af skaberne af designet for Cell-processoren i Playstation 3 holder foredrag. Sommerskolen afholdes for ph.d.-studerende om Algoritmer for Avancerede Processor Arkitekturer (AFAPA).
Seneste fra Teknologi
-
Her er fremtidens telefon
23. maj 2012 kl. 10:06Du ser ikke bare et ansigt, men hele personen du taler i telefon med - og du kan gå rundt om ham eller hende. Se videoen med fremtidens telefon. -
Oplev den danske økoræs-triumf
22. maj 2012 kl. 10:45To danske hold havde både op- og nedture til Shell Eco-marathon. Her kan du i billeder og video opleve, hvordan det gik. -
Magnetisk køleskab halverer elregningen
21. maj 2012 kl. 03:54Når kulde skabes ved hjælp af magnetisme, bruges der ikke meget energi. Samtidig kan man bruge vand i stedet for skadelige drivhusgasser til at transportere varme og kulde.Bringes i samarbejde med Det Strategiske Forskningsråd
Mest læste på Videnskab.dk
-
20/05
-
25/05
-
21/05
-
21/05
-
21/05
-
21/05
-
19/05
-
22/05
-
19/05
-
24/05
Det læser andre lige nu
-
Du bliver syg uden en fortrolig
6. januar 2012 kl. 03:52 -
Løft en tændstik uden at røre den
18. maj 2012 kl. 09:28 -
Mere is i Arktis i år
17. september 2009 kl. 10:30
Spørg Videnskaben
-
Hvorfor sker der så lidt i pinsen?
24. maj 2012 kl. 14:44 -
Hvorfor spiser hunde lort?
21. maj 2012 kl. 13:28
Abonner på vores nyhedsbrev
Seneste nyheder
Seneste kort nyt
-
10:03
-
10:03
-
10:00
-
09:33
-
09:30
Mest sete video
-
Løft en tændstik uden at røre den
18. maj 2012 kl. 09:28 -
Tænd et lys på afstand
25. maj 2012 kl. 10:11 -
Verdens mest sjældne gorilla fanget på video
17. maj 2012 kl. 05:58
Seneste kommentarer
-
Af Tom Frandsen for 2 timer 14 minutter siden
[Hvorfor sker der så lidt i pinsen?]
-
Af Kenneth Nielsen for 3 timer 35 minutter siden
[Tosprogede tager klogere beslutninger]
Seneste blogindlæg
-
Relativisme
Af Jakob Rachmanski, Cand.mag. i filosofi -
Mænd har flere neuroner end kvinder, men det betyder ikke noget
Af Jonas Kristoffer Lindeløv, ph.d. studerende i kognitiv neurovidenskab
På forsiden lige nu
-
Diskrimination af ’os i provinsen’? - Om afslag til filmstøtte af film med ’brun’ i hovedrollen
-
Gennembrud i fysik kan føre til nyt syn på magnetisme
-
Så alvorlig er mobning for børns helbred
-
Hvorfor sker der så lidt i pinsen?
-
Vægtløshed er en unik følelse
-
Hvorfor rammer modermærkekræft især rødhårede?
Seneste nyheder
Abonner på vores nyhedsbrev
| Videnskab.dk | Redaktion | Oversigt | Abonnér |
|---|---|---|---|
| Skelbækgade 4 | Ansvarshavende chefredaktør: | Om Videnskab.dk | RSS feed |
| DK-1717 København V | Vibeke Hjortlund | Ansatte på Videnskab.dk | |
| Tlf: 70 70 17 88 | redaktionen@videnskab.dk | Privatlivspolitik | YouTube |
© Ophavsretten tilhører Videnskab.dk



















